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  TT-seq captures enhancer landscapes immediately after T-cell stimulation.

Michel, M., Demel, C., Zacher, B., Schwalb, B., Krebs, S., Blum, H., et al. (2017). TT-seq captures enhancer landscapes immediately after T-cell stimulation. Molecular Systems Biology, 13(3): 920. doi:10.15252/msb.20167507.

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Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Michel, M.1, Autor           
Demel, C.1, Autor           
Zacher, B., Autor
Schwalb, B.1, Autor           
Krebs, S., Autor
Blum, H., Autor
Gagneur, J., Autor
Cramer, P.1, Autor           
Affiliations:
1Department of Molecular Biology, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_1863498              

Inhalt

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Schlagwörter: T‐cell response; enhancers; functional genomics; promoters; transcriptome analysis
 Zusammenfassung: To monitor transcriptional regulation in human cells, rapid changes in enhancer and promoter activity must be captured with high sensitivity and temporal resolution. Here, we show that the recently established protocol TT-seq ("transient transcriptome sequencing") can monitor rapid changes in transcription from enhancers and promoters during the immediate response of T cells to ionomycin and phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA). TT-seq maps eRNAs and mRNAs every 5 min after T-cell stimulation with high sensitivity and identifies many new primary response genes. TT-seq reveals that the synthesis of 1,601 eRNAs and 650 mRNAs changes significantly within only 15 min after stimulation, when standard RNA-seq does not detect differentially expressed genes. Transcription of enhancers that are primed for activation by nucleosome depletion can occur immediately and simultaneously with transcription of target gene promoters. Our results indicate that enhancer transcription is a good proxy for enhancer regulatory activity in target gene activation, and establish TT-seq as a tool for monitoring the dynamics of enhancer landscapes and transcription programs during cellular responses and differentiation.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2017-03-07
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.15252/msb.20167507
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Molecular Systems Biology
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
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Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: 13 Band / Heft: 13 (3) Artikelnummer: 920 Start- / Endseite: - Identifikator: -