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  A procedure for transferable coarse-grained models of aqueous polysaccarides

Sauter, J., & Grafmüller, A. (2017). A procedure for transferable coarse-grained models of aqueous polysaccarides. Journal of Chemical Theory and Computation, 13(1), 223-236. doi:10.1021/acs.jctc.6b00613.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-002C-25B8-4 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-2A3F-1
Genre: Zeitschriftenartikel

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2375743.pdf
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Eingeschränkt (Max Planck Institute of Colloids and Interfaces, MTKG; )
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2375743_s.pdf
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Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Sauter, Jörg1, Autor           
Grafmüller, Andrea1, Autor           
Affiliations:
1Andrea Grafmüller, Theorie & Bio-Systeme, Max Planck Institute of Colloids and Interfaces, Max Planck Society, ou_1863323              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: We present a procedure to obtain coarse-grained models for aqueous polysaccha- ride solutions that are transferable over different degrees of polymerization (DP) and different polysaccharide concentrations based on atomistic Molecular Dynamics simu- lations. This is achieved by a hybrid procedure combining Boltzmann Inversion and the Multiscale Coarse-Graining method. In order to overcome problems that have been previously reported with this approach, namely differences in the aggregation behavior and the end to end distance between the atomistic reference simulation and the coarse- grained simulation, we employ a separation-ansatz and explicit 1-3 and 1-4 non-bonded intra-molecular interactions. This allows the use of the model for long polysaccharides. We demonstrate the transferability over both concentration and DP and evaluate the scope for which the coarse-grained model can be applied, then present a scheme to extend the concentration transferability. In addition, we show that the procedure can be applied for different force fields and demonstrate that it can be applied generate a transferable implicit solvent model as well.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2016-12-082017
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00613
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Projektname : -
Grant ID : GR 3661/2-1
Förderprogramm : -
Förderorganisation : DFG

Quelle 1

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Titel: Journal of Chemical Theory and Computation
  Andere : J. Chem. Theory Comput.
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Washington, D.C. : American Chemical Society
Seiten: - Band / Heft: 13 (1) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 223 - 236 Identifikator: ISSN: 1549-9618