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  Support values for genome phylogenies

Klötzl, F., & Haubold, B. (2016). Support values for genome phylogenies. Life, 6(1): 11. doi:10.3390/life6010011.

Item is

Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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:
Kloetzl_Haubold_2016.pdf (Verlagsversion), 601KB
Name:
Kloetzl_Haubold_2016.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-

Externe Referenzen

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externe Referenz:
http://www.mdpi.com/2075-1729/6/1/11 (Verlagsversion)
Beschreibung:
-
OA-Status:

Urheber

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 Urheber:
Klötzl, Fabian1, Autor           
Haubold, Bernhard1, Autor           
Affiliations:
1Research Group Bioinformatics, Department Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Evolutionary Biology, Max Planck Society, ou_1445644              

Inhalt

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Schlagwörter: bootstrap; quartet analysis; support value; phylogeny; distance matrix
 Zusammenfassung: We have recently developed a distance metric for efficiently estimating the number of substitutions per site between unaligned genome sequences. These substitution rates are called “anchor distances” and can be used for phylogeny reconstruction. Most phylogenies come with bootstrap support values, which are computed by resampling with replacement columns of homologous residues from the original alignment. Unfortunately, this method cannot be applied to anchor distances, as they are based on approximate pairwise local alignments rather than the full multiple sequence alignment necessary for the classical bootstrap. We explore two alternatives: pairwise bootstrap and quartet analysis, which we compare to classical bootstrap. With simulated sequences and 53 human primate mitochondrial genomes, pairwise bootstrap gives better results than quartet analysis. However, when applied to 29 E. coli genomes, quartet analysis comes closer to the classical bootstrap.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2016-02-032015-12-072016-02-232016-03-072016
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.3390/life6010011
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Life
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Basel, Switzerland : MDPI AG
Seiten: - Band / Heft: 6 (1) Artikelnummer: 11 Start- / Endseite: - Identifikator: Anderer: 2075-1729
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/2075-1729