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  Argonaute-1 binds transcriptional enhancers and controls constitutive and alternative splicing in human cells.

Alló, M., Agirre, E., Bessonov, S., Bertucci, P., Acuña, L. G., Buggiano, V., et al. (2014). Argonaute-1 binds transcriptional enhancers and controls constitutive and alternative splicing in human cells. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111(44), 15622-15629. doi:10.1073/pnas.1416858111.

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Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Alló, M., Autor
Agirre, E., Autor
Bessonov, S.1, Autor           
Bertucci, P., Autor
Acuña, L. G., Autor
Buggiano, V., Autor
Bellora, N., Autor
Singh, B., Autor
Petrilloa, Ezequiel, Autor
Blaustein, M., Autor
Miñana, B., Autor
Dujardin, G., Autor
Pozzi, B., Autor
Pelisch, F., Autor
Bechara, E., Autor
Agafonov, D. E.1, Autor           
Srebrow, A., Autor
Lührmann, R.1, Autor           
Valcárcel, J., Autor
Eyras, E., Autor
Kornblihtt, A. R., Autor mehr..
Affiliations:
1Department of Cellular Biochemistry, MPI for biophysical chemistry, Max Planck Society, ou_578576              

Inhalt

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Schlagwörter: Argonaute proteins; transcriptional enhancers; alternative splicing
 Zusammenfassung: The roles of Argonaute proteins in cytoplasmic microRNA and RNAi pathways are well established. However, their implication in small RNA-mediated transcriptional gene silencing in the mammalian cell nucleus is less understood. We have recently shown that intronic siRNAs cause chromatin modifications that inhibit RNA polymerase II elongation and modulate alternative splicing in an Argonaute-1 (AGO1)-dependent manner. Here we used chromatin immunoprecipitation followed by deep sequencing (ChIP-seq) to investigate the genome-wide distribution of AGO1 nuclear targets. Unexpectedly, we found that about 80% of AGO1 clusters are associated with cell-type-specific transcriptional enhancers, most of them (73%) overlapping active enhancers. This association seems to be mediated by long, rather than short, enhancer RNAs and to be more prominent in intragenic, rather than intergenic, enhancers. Paradoxically, crossing ChIP-seq with RNA-seq data upon AGO1 depletion revealed that enhancer-bound AGO1 is not linked to the global regulation of gene transcription but to the control of constitutive and alternative splicing, which was confirmed by an individual gene analysis explaining how AGO1 controls inclusion levels of the cassette exon 107 in the SYNE2 gene.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2014-10-132014-11-04
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1073/pnas.1416858111
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Genre der Quelle: Zeitschrift
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Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 111 (44) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 15622 - 15629 Identifikator: -