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  A high-resolution anatomical atlas of the transcriptome in the mouse embryo.

Diez-Roux, G., Banfi, S., Sultan, M., Geffers, L., Anand, S., Rozado, D., et al. (2011). A high-resolution anatomical atlas of the transcriptome in the mouse embryo. PLoS Biology, 9(1): e1000582. doi:10.1371/journal.pbio.1000582.

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-A607-6 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0027-CE88-4
Genre: Zeitschriftenartikel

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Urheber

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 Urheber:
Diez-Roux, G., Autor
Banfi, S., Autor
Sultan, M., Autor
Geffers, L.1, Autor           
Anand, S., Autor
Rozado, D., Autor
Magen, A., Autor
Canidio, E., Autor
Pagani, M., Autor
Peluso, I., Autor
Lin-Marq, N., Autor
Koch, M., Autor
Bilio, M., Autor
Cantiello, I., Autor
Verde, R., Autor
De Masi, C., Autor
Bianchi, S. A., Autor
Cicchini, J., Autor
Perroud, E., Autor
Mehmeti, S., Autor
Dagand, E., AutorSchrinner, S., AutorNürnberger, A., AutorSchmidt, K., AutorMetz, K., AutorZwingmann, C., AutorBrieske, N., AutorSpringer, C., AutorMartinez Hernandez, A.1, Autor           Herzog, S.1, Autor           Grabbe, F.1, Autor           Sieverding, C.1, Autor           Fischer, B.1, Autor           Schrader, K.1, Autor           Brockmeyer, M.1, Autor           Dettmer, S., AutorHelbig, C.2, Autor           Alunni, V., AutorBattaini, M. A., AutorMura, C., AutorHenrichsen, C. N., AutorGarcia-Lopez, R., AutorEchevvaria, D., AutorPuelles, E., AutorGarcia-Galero, E., AutorKruse, S., AutorUhr, M.1, Autor           Kauck, C.1, Autor           Feng, G., AutorMilyaev, N., AutorOng, C. K., AutorKumar, L., AutorLam, M., AutorSemple, C. A., AutorGyenesei, A., AutorMundlos, S., AutorRadelof, U., AutorLehrach, H., AutorSarmientos, P., AutorReymond, A., AutorDavidson, D. R., AutorDolle, P., AutorAntonarakis, S. E., AutorYaspo, M. L., AutorMartinez, S., AutorBaldock, R. A., AutorEichele, G.1, Autor           Ballbio, A., Autor mehr..
Affiliations:
1Department of Genes and Behavior, MPI for biophysical chemistry, Max Planck Society, ou_persistent34              
2Research Group of Circadian Rhythms, MPI for biochemical chemistry, Max Planck Society, ou_578594              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Ascertaining when and where genes are expressed is of crucial importance to understanding or predicting the physiological role of genes and proteins and how they interact to form the complex networks that underlie organ development and function. It is, therefore, crucial to determine on a genome-wide level, the spatio-temporal gene expression profiles at cellular resolution. This information is provided by colorimetric RNA in situ hybridization that can elucidate expression of genes in their native context and does so at cellular resolution. We generated what is to our knowledge the first genome-wide transcriptome atlas by RNA in situ hybridization of an entire mammalian organism, the developing mouse at embryonic day 14.5. This digital transcriptome atlas, the Eurexpress atlas (http://www.eurexpress.org), consists of a searchable database of annotated images that can be interactively viewed. We generated anatomy-based expression profiles for over 18,000 coding genes and over 400 microRNAs. We identified 1,002 tissue-specific genes that are a source of novel tissue-specific markers for 37 different anatomical structures. The quality and the resolution of the data revealed novel molecular domains for several developing structures, such as the telencephalon, a novel organization for the hypothalamus, and insight on the Wnt network involved in renal epithelial differentiation during kidney development. The digital transcriptome atlas is a powerful resource to determine co-expression of genes, to identify cell populations and lineages, and to identify functional associations between genes relevant to development and disease.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2011-01-18
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1371/journal.pbio.1000582
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: PLoS Biology
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: 13 Band / Heft: 9 (1) Artikelnummer: e1000582 Start- / Endseite: - Identifikator: -