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  Prediction of hybrid biomass in Arabidopsis thaliana by selected parental SNP and metabolic markers

Steinfath, M., Gaertner, T., Lisec, J., Meyer, R. C., Altmann, T., Willmitzer, L., & Selbig, J. (2010). Prediction of hybrid biomass in Arabidopsis thaliana by selected parental SNP and metabolic markers. Theoretical and Applied Genetics, 120(2), 239-247. doi:10.1007/s00122-009-1191-2.

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資料種別: 学術論文

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Steinfath-2010-Prediction of hybrid.pdf (全文テキスト(全般)), 314KB
ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0014-2310-2
ファイル名:
Steinfath-2010-Prediction of hybrid.pdf
説明:
-
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MIMEタイプ / チェックサム:
application/pdf / [MD5]
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著作権日付:
-
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作成者

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 作成者:
Steinfath, M.1, 著者           
Gaertner, T.2, 著者
Lisec, J.3, 著者           
Meyer, R. C.4, 著者           
Altmann, T.4, 著者           
Willmitzer, L.3, 著者           
Selbig, J.1, 著者           
所属:
1BioinformaticsCRG, Cooperative Research Groups, Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology, Max Planck Society, ou_1753315              
2External Organizations, ou_persistent22              
3Small Molecules, Department Willmitzer, Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology, Max Planck Society, ou_1753340              
4Developmental Physiology and Genomics, Cooperative Research Groups, Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology, Max Planck Society, ou_1753313              

内容説明

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キーワード: heterosis performance populations identification characters models qtl
 要旨: A recombinant inbred line (RIL) population, derived from two Arabidopsis thaliana accessions, and the corresponding testcrosses with these two original accessions were used for the development and validation of machine learning models to predict the biomass of hybrids. Genetic and metabolic information of the RILs served as predictors. Feature selection reduced the number of variables (genetic and metabolic markers) in the models by more than 80% without impairing the predictive power. Thus, potential biomarkers have been revealed. Metabolites were shown to bear information on inherited macroscopic phenotypes. This proof of concept could be interesting for breeders. The example population exhibits substantial mid-parent biomass heterosis. The results of feature selection could therefore be used to shed light on the origin of heterosis. In this respect, mainly dominance effects were detected.

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言語: eng - English
 日付: 2009-11-172010
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子(DOI, ISBNなど): ISI: ISI:000272803700005
DOI: 10.1007/s00122-009-1191-2
ISSN: 1432-2242 (Electronic) 0040-5752 (Linking)
URI: ://000272803700005 http://www.springerlink.com/content/ej7w26w0812741g6/fulltext.pdf
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Theoretical and Applied Genetics
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 120 (2) 通巻号: - 開始・終了ページ: 239 - 247 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): -