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  SITEBLAST-rapid and sensitive local alignment of genomic sequences employing motif anchors

Michael, M., Dieterich, C., & Vingron, M. (2005). SITEBLAST-rapid and sensitive local alignment of genomic sequences employing motif anchors. Bioinformatics, 21(9), 2093-2094. doi:10.1093/bioinformatics/bti224.

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2093.pdf (beliebiger Volltext), 37KB
Name:
2093.pdf
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-
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Sichtbarkeit:
Öffentlich
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application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
eDoc_access: PUBLIC
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Michael, Morris, Autor
Dieterich, Christoph1, Autor
Vingron, Martin2, Autor           
Affiliations:
1Max Planck Society, ou_persistent13              
2Gene regulation (Martin Vingron), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479639              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Motivation: Comparative sequence analysis is the essence of many approaches to genome annotation. Heuristic alignment algorithms utilize similar seed pairs to anchor an alignment. Some applications of local alignment algorithms (e.g. phylogenetic footprinting) would benefit from including prior knowledge (e.g. binding site motifs) in the alignment building process. Results: We introduce predefined sequence patterns as anchor points into a heuristic local alignment strategy. We extended the BLASTZ program for this purpose. A set of seed patterns is either given as consensus sequences in IUPAC code or position-weight-matrices. Phylogenetic footprinting of promoter regions is one of many potential applications for the SITEBLAST software.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2005-01-01
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: eDoc: 272173
DOI: 10.1093/bioinformatics/bti224
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Bioinformatics
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 21 (9) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 2093 - 2094 Identifikator: ISSN: 1367-4803