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  An Improved Algorithm for the Macro-evolutionary Phylogeny Problem

Behzadi, B., & Vingron, M. (2006). An Improved Algorithm for the Macro-evolutionary Phylogeny Problem. In Combinatorial Pattern Matching (pp. 177-187). Berlin/Heidelberg: Springer.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-84E8-7 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-84E9-5
Genre: Buchkapitel

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fulltext.pdf (beliebiger Volltext), 420KB
 
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-
Name:
fulltext.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Eingeschränkt (Max Planck Institute for Molecular Genetics, MBMG; )
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
eDoc_access: MPG
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Behzadi, Behshad1, Autor
Vingron, Martin2, Autor           
Affiliations:
1Max Planck Society, ou_persistent13              
2Gene regulation (Martin Vingron), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479639              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Macro-evolutionary processes (e.g., gene duplication and loss) have rarely been incorporated into gene phylogeny reconstruction methods. Durand et al. [5] have proposed a polynomial time dynamic programming algorithm to find the gene family tree that optimizes a macro-evolutionary criterion which is the weighted sum of the number of gene duplications and losses. The complexity of this algorithm is O(nm2) where n is the number of species and m is the maximum number of copies of the gene in a species. In this paper, we propose an improved algorithm with time complexity of O(nm) for solving this problem. We also show, that the problem can be solved in O(n) if unit costs are considered for both loss and duplication.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2006-01-01
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: eDoc: 309234
DOI: 10.1007/11780441
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Combinatorial Pattern Matching
Genre der Quelle: Buch
 Urheber:
Lewenstein, Moshe, Autor
Valiente, Gabriel, Autor
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: Berlin/Heidelberg : Springer
Seiten: 414 Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 177 - 187 Identifikator: ISBN: 3-540-35455-7

Quelle 2

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Titel: Lecture Notes in Computer Science
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Goos, Gerhard, Herausgeber
Hartmanis, Juris, Herausgeber
van Leeuwen, and Jan, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 4009/2006 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: -