Efficient Computational Design of Tiling Arrays Using a Shortest Path Approach.

Schliep, Alexander; Krause, Roland

doi:10.1007/978-3-540-74126-8_36

Efficient Computational Design of Tiling Arrays Using a Shortest Path Approach.

Schliep, A., & Krause, R. (2007). Efficient Computational Design of Tiling Arrays Using a Shortest Path Approach. In S. H., Raffaele Giancarlo (Ed.), Algorithms in Bioinformatics (pp. 383-394). Berlin / Heidelberg: Springer.

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-82E1-1 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-82E2-0

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Schliep, Alexander¹, 著者
Krause, Roland¹, 著者

所属:
1Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433547

内容説明

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キーワード: -

要旨: Genomic tiling arrays are a type of DNA microarrays which can investigate the complete genome of arbitrary species for which the sequence is known. The design or selection of suitable oligonucleotide probes for such arrays is however computationally difficult if features such as oligonucleotide quality and repetitive regions are to be considered. We formulate the minimal cost tiling path problem for the selection of oligonucleotides from a set of candidates, which is equivalent to a shortest path problem. An efficient implementation of Dijkstra’s shortest path algorithm allows us to compute globally optimal tiling paths from millions of candidate oligonucleotides on a standard desktop computer. The solution to this multi-criterion optimization is spatially adaptive to the problem instance. Our formulation incorporates experimental constraints with respect to specific regions of interest and tradeoffs between hybridization parameters, probe quality and tiling density easily. Solutions for the basic formulation can be obtained more efficiently from Monge theory.

資料詳細

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言語: eng - English

日付: 出版: 2007

出版の状態: 出版

ページ: -

出版情報: -

目次: -

査読: -

識別子（DOI, ISBNなど）: eDoc: 336989
DOI: 10.1007/978-3-540-74126-8_36
URI: http://algorithmics.molgen.mpg.de/Static/Publications/2007-Tiling-WABI.pdf

学位: -

訴訟

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出版物 1

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出版物名: Algorithms in Bioinformatics

種別: 書籍

著者・編者:
Raffaele Giancarlo, Sridhar Hannenhalli, 編集者

所属:
-

出版社, 出版地: Berlin / Heidelberg : Springer

ページ: - 巻号: - 通巻号: - 開始・終了ページ: 383 - 394 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISBN: 978-3-540-74125-1

出版物 2

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出版物名: Lecture Notes in Computer Science

種別: 連載記事

著者・編者:

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出版社, 出版地: -

ページ: - 巻号: 4645 通巻号: - 開始・終了ページ: - 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: -

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