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  Context-Specific Independence Mixture Modelling for Protein Families.

Georgi, B., Schultz, J., & Schliep, A. (2007). Context-Specific Independence Mixture Modelling for Protein Families. In J. Kok, J. Koronacki, R. Lopez de Mantaras, S. Matwin, D. Mladenic, & A. Skowron (Eds.), Knowledge Discovery in Databases: PKDD 2007 (pp. 79-90). Berlin/Heidelberg: Springer.

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fulltext.pdf (beliebiger Volltext), 487KB
 
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fulltext.pdf
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-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Eingeschränkt (Max Planck Institute for Molecular Genetics, MBMG; )
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
eDoc_access: MPG
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Georgi, Benjamin1, Autor
Schultz, Jörg, Autor
Schliep, Alexander2, Autor           
Affiliations:
1Max Planck Society, ou_persistent13              
2Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433547              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Protein families can be divided into subgroups with functional differences. The analysis of these subgroups and the determination of which residues convey substrate specificity is a central question in the study of these families. We present a clustering procedure using the context-specific independence mixture framework using a Dirichlet mixture prior for simultaneous inference of subgroups and prediction of specificity determining residues based on multiple sequence alignments of protein families. Application of the method on several well studied families revealed a good clustering performance and ample biological support for the predicted positions. The software we developed to carry out this analysis PyMix - the Python mixture package is available from http://www.algorithmics.molgen.mpg.de/pymix.html.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2007-08-30
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Knowledge Discovery in Databases: PKDD 2007
Genre der Quelle: Buch
 Urheber:
Kok, J.N., Herausgeber
Koronacki, J., Herausgeber
Lopez de Mantaras, R., Herausgeber
Matwin, S., Herausgeber
Mladenic, D., Herausgeber
Skowron, A., Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: Berlin/Heidelberg : Springer
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 79 - 90 Identifikator: -

Quelle 2

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Titel: Lecture Notes in Computer Science
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Hofmann, Alfred, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 4202 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 0302-9743