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  Exonization of active mouse L1s: a driver of transcriptome evolution?

Zemojtel, T., Penzkofer, T., Schultz, J., Dandekar, T., Badge, R., & Vingron, M. (2007). Exonization of active mouse L1s: a driver of transcriptome evolution? BMC Genomics, 8, e392-e392. doi:10.1186/1471-2164-8-392.

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Genre: Zeitschriftenartikel
Alternativer Titel : BMC Genomics

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1471-2164-8-392.pdf (beliebiger Volltext), 821KB
Name:
1471-2164-8-392.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
eDoc_access: PUBLIC
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Zemojtel, Tomasz1, Autor           
Penzkofer, Tobias, Autor
Schultz, Jörg, Autor
Dandekar, Thomas, Autor
Badge, Richard, Autor
Vingron, Martin2, Autor           
Affiliations:
1Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433547              
2Gene regulation (Martin Vingron), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479639              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Background: Long interspersed nuclear elements (LINE-1s, L1s) have been recently implicated in the regulation of mammalian transcriptomes. Results: Here, we show that members of the three active mouse L1 subfamilies (A, GF and TF) contain, in addition to those on their sense strands, conserved functional splice sites on their antisense strands, which trigger multiple exonization events. The latter is particularly intriguing in the light of the strong antisense orientation bias of intronic L1s, implying that the toleration of antisense insertions results in an increased potential for exonization. Conclusion: In a genome-wide analysis, we have uncovered evidence suggesting that the mobility of the large number of retrotransposition-competent mouse L1s (~2400 potentially active L1s in NCBIm35) has significant potential to shape the mouse transcriptome by continuously generating insertions into transcriptional units.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2007-10-26
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: BMC Genomics
  Alternativer Titel : BMC Genomics
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 8 Artikelnummer: - Start- / Endseite: e392 - e392 Identifikator: ISSN: 1471-2164