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言語:
deu - German
日付:
2009-02-17
出版の状態:
受理 / 印刷中
ページ:
71
出版情報:
Salzburg : Universität Salzburg
目次:
Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis........................................ 3
1. Zusammenfassung........................................... 5
2. Zielsetzung .......................................................... 7
3. Einleitung .......................................................... 8
3.1 Zuckerrübeallgemein....................................8
3.1.1 Anbau und Ertrag der Zuckerrübe....................................... .........9
3.1.2 Verwendungen der Zuckerrübe................................................ 9
3.2 Genetische und physikalische Kartierung und deren Verknüpfung..10
3.2.1 Genetische Kartierung.............................. 10
3.2.2 Molekulare Markierung...............................13
3.2.2.1 RFLP (restriction fragment length polymorphism)............................................ 13
3.2.2.2 RAPD (random amplified polymorphic DNA) ................................................... ......13
3.2.2.3 AFLP (amplified fragment length polymorphism) ............................................. ............14
3.2.3 Physikalische Kartierung.............................................. 14
3.2.4 Verknüpfung von genetischen und physikalischen Karten 16
3.3 DNA-Microarrays .........................................................16
3.3.1 Microarrays der Firma Agilent Technologies ........................................................ 17
4. Material und Methoden ........................................................ 18
4.1 Materialien ........................................................ 18
4.1.1 Puffer und Lösungen ........................................................ 18
4.1.2 Pflanzenmaterial........................................ 19
4.1.3 Kontrollklone (Bacterial Artificial Chromosome) .........................................................19
4.1.4 Elektrophoresegele ........................................................ 19
4.1.5 DNA- Marker ........................................................ 20
4.1.6 Microarrays ........................................................ 20
4.2 Molekularbiologische Methoden................................................ 21
4.2.1 DNA Extraktion ........................................................ 21
4.2.1.1 Präparation von Plasmid-DNA im großen Maßstab ........................................... 21
4.2.1.2 Isolierung von genomischer DNA aus Zuckerrübenpflänzchen ......................... .........22
4.2.2 Herstellung von DNA-Amplikons ........................................................ 23
4.2.2.1 Verdau der DNA ........................................................ 23
4.2.2.2 Ligation der Adaptoren an die verdaute DNA .................................................... ....23
4.2.2.3 Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR) ........................................................ 24
4.2.2.4 Aufreinigung der PCR-Produkte............................................ 24
4.2.2.5 Fluoreszenz- Markierung der DNA- Fragmente ................................................. .......25
4.2.2.6 Aufreinigung der fluoreszenz- markierten Produkte................................................ 25
4.2.3 Hybridisierung der Microarrays ........................................................ 26
4.2.4 Waschen und Scannen der Microarrays ........................................................ 27
4.3 Bioinformatische Methoden................................................ 29
4.3.1. Erstellung der Oligos.................................................. 29
4.3.2. Auswertung der Microarrays mittels Feature Extraction ...................................... ..................30
4.3.3 Normalisierung und Verarbeitung der Signalwerte zu Genotypisierungswerten... ...............................31
4.3.3.1 Normalisierung des 4x44K- Microarrays und des 2x105K- Microarrays........... ..........................31
4.3.3.2 Normalisierung der 8x15K- Microarrays ........................................................ 32
4.3.3.3 Zuteilung der Genotypisierungswerte (Scores).................................................33
4.3.4 Einschränkung der Oligonukleotide auf relevante Markerkandidaten................... .....................33
4.3.5 Berechnung einer Placement-Map mittels Mapmaker 3.0 ..................................... ...................33
5. ..................................................... 35
5.1 DNA- Extraktion ........................................................ 37
4
5.2 DNA- Verdau ........................................................ 37
5.2.1 Ergebnisse der Verdaue................................................. 38
5.2.2 Virtuelle Restriktionskarte von Kontrollklonen.......................................... 39
5.3 Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR) ........................................................ 40
5.3.1 Ergebnisse der PCR..................................................... 41
5.4 DNA-Markierung ........................................................ 42
5.4.1 Ergebnisse der Markierungsreaktionen................................... 43
5.5 Microarrays ........................................................ 43
5.5.1 4x44K Microarray.............................................. 45
5.5.2 2x105K Microarray.............................................. 47
5.5.3 8x15K Microarray.............................................. 48
5.6 Placement-Map berechnet mit Mapmaker 3.0 ........................................................ 50
6. Diskussion ........................................................ 54
7. Literaturverzeichnis................................. 57
7.1 Webadressen der Internetquellen ........................................................ 60
8. Anhang ........................................................ 61
8.1 Anhang A ........................................................ 62
8.2 Anhang B.....................................................
8.3 Anhang C....................................................... 66
9. Abkürzungen ........................................................ 69
10. Lebenslauf ......................................... 70
査読:
-
識別子（DOI, ISBNなど）:
eDoc: 444324
学位:
修士号 (Master)
