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  An algorithm and program for finding sequence specific oligo-nucleotide probes for species identification

Pozhitkov, A. E., & Tautz, D. (2002). An algorithm and program for finding sequence specific oligo-nucleotide probes for species identification. BMC Bioinformatics, 3. doi:10.1186/1471-2105-3-9.

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Pozhitkow_Tautz_2002.pdf (Verlagsversion), 176KB
Name:
Pozhitkow_Tautz_2002.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Keine Angabe
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Pozhitkov, A. E.1, Autor
Tautz, D.2, Autor           
Affiliations:
1external, ou_persistent22              
2External, ou_persistent22              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Background: The identification of species or species groups with specific oligo-nucleotides as molecular signatures is becoming increasingly popular for bacterial samples. However, it shows also great promise for other small organisms that are taxonomically difficult to tract. Results: We have devised here an algorithm that aims to find the optimal probes for any given set of sequences. The program requires only a crude alignment of these sequences as input and is optimized for performance to deal also with very large datasets. The algorithm is designed such that the position of mismatches in the probes influences the selection and makes provision of single nucleotide outloops. Program implementations are available for Linux and Windows.

Details

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Sprache(n):
 Datum: 20022002
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: ISI: 000181476800009
DOI: 10.1186/1471-2105-3-9
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: BMC Bioinformatics
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: BioMed Central
Seiten: - Band / Heft: 3 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 1471-2105
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/111000136905000