Deutsch
 
Hilfe Datenschutzhinweis Impressum
  DetailsucheBrowse

Datensatz

DATENSATZ AKTIONENEXPORT
Zur Ablage hinzufügen
 Lokale TagsFreigabegeschichteDetailsÜbersicht
  Multiple sequence alignment with arbitrary gap costs: Computing an optimal solution using polyhedral combinatorics

Althaus, E., Caprara, A., Lenhof, H.-P., & Reinert, K. (2002). Multiple sequence alignment with arbitrary gap costs: Computing an optimal solution using polyhedral combinatorics. In Proceedings of the European Conference on Computational Biology (ECCB 2002) (pp. S4-S16). Oxford, UK: Oxford University Press.

Item is

 

einblenden: alle ausblenden: alle

Basisdaten

einblenden: ausblenden:
Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-3001-0 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-3003-C
Genre: Konferenzbeitrag

Externe Referenzen

einblenden:

Urheber

einblenden:
ausblenden:
 Urheber:
Althaus, Ernst1, Autor           
Caprara, Alberto, Autor
Lenhof, Hans-Peter1, Autor           
Reinert, Knut1, Autor           
Lengauer, Thomas2, Herausgeber           
Affiliations:
1Algorithms and Complexity, MPI for Informatics, Max Planck Society, ou_24019              
2Computational Biology and Applied Algorithmics, MPI for Informatics, Max Planck Society, ou_40046              

Inhalt

einblenden:
ausblenden:
Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Multiple sequence alignment is one of the dominant problems in computational molecular biology. Numerous scoring functions and methods have been proposed, most of which result in NP-hard problems. In this paper we propose for the first time a general formulation for multiple alignment with arbitrary gap-costs based on an integer linear program (ILP). In addition we describe a branch-and-cut algorithm to effectively solve the ILP to optimality. We evaluate the performances of our approach in terms of running time and quality of the alignments using the BAliBase database of reference alignments. The results show that our implementation ranks amongst the best programs developed so far.

Details

einblenden:
ausblenden:
Sprache(n): eng - English
 Datum: 2003-08-282002
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: eDoc: 202065
Anderer: Local-ID: C1256428004B93B8-14DF56BBB5470A4DC1256C930054F370-Althaus2002b
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

einblenden:
ausblenden:
Titel: ECCB 2002
Veranstaltungsort: Saarbrücken
Start-/Enddatum: 2002-10-06 - 2002-10-09

Entscheidung

einblenden:

Projektinformation

einblenden:

Quelle 1

einblenden:
ausblenden:
Titel: Proceedings of the European Conference on Computational Biology (ECCB 2002)
Genre der Quelle: Konferenzband
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Oxford, UK : Oxford University Press
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: S4 - S16 Identifikator: -

Quelle 2

einblenden:
ausblenden:
Titel: Bioinformatics
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: -