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  Search-Optimized Suffix-Tree Storage for Biological Applications

Bedathur, S., & Haritsa, J. (2006). Search-Optimized Suffix-Tree Storage for Biological Applications. In 12th IEEE International Conference on High Performance Computing (HiPC) (pp. 29-39). Berlin, Germany: Springer.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-23E8-A Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-23EA-6
Genre: Konferenzbeitrag

Dateien

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:
hipc2005.pdf (beliebiger Volltext), 243KB
 
Datei-Permalink:
-
Name:
hipc2005.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Privat
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Bedathur, Srikanta1, Autor           
Haritsa, Jayant2, Autor
Bader, David A., Herausgeber
Parashar, Manish, Herausgeber
Varadarajan, Sridhar2, Herausgeber
Prasanna, Viktor K., Herausgeber
Affiliations:
1Databases and Information Systems, MPI for Informatics, Max Planck Society, ou_24018              
2Max Planck Society, ou_persistent13              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Suffix-trees are popular indexing structures for various sequence processing problems in biological data management. We investigate here the possibility of enhancing the search efficiency of disk-resident suffix-trees through customized layouts of tree-nodes to disk-pages. Specifically, we propose a new layout strategy, called Stellar, that provides significantly improved search performance on a representative set of real genomic sequences. Further, Stellar supports both the standard root-to-leaf lookup queries as well as sophisticated sequence search algorithms that exploit the suffix-links of suffix-trees. Our results are encouraging with regard to the ultimate objective of seamlessly integrating sequence processing in database engines.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2007-04-272006
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: eDoc: 314538
Anderer: Local-ID: C1256DBF005F876D-87F8945181612E4FC125728A003BC3ED-Bedathur2005
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Titel: Untitled Event
Veranstaltungsort: Goa, India
Start-/Enddatum: 2005-12-18

Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: 12th IEEE International Conference on High Performance Computing (HiPC)
Genre der Quelle: Konferenzband
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Berlin, Germany : Springer
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 29 - 39 Identifikator: ISBN: 978-3-540-30936-9

Quelle 2

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Titel: Lecture Notes in Computer Science
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 3769 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: -