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  An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12.

Keasar, C., McGuffin, L. J., Wallner, B., Chopra, G., Adhikari, B., Bhattacharya, D., Blake, L., Bortot, L. O., Cao, R., Dhanasekaran, B. K., Dimas, I., Faccioli, R. A., Faraggi, E., Ganzynkowicz, R., Ghosh, S., Ghosh, S., Giełdoń, A., Golon, L., He, Y., Heo, L., Hou, J., Khan, M., Khatib, F., Khoury, G. A., Kieslich, C., Kim, D. E., Krupa, P., Lee, G. R., Li, H., Li, J., Lipska, A., Liwo, A., Maghrabi, A. H. A., Mirdita, M., Mirzaei, S., Mozolewska, M. A., Onel, M., Ovchinnikov, S., Shah, A., Shah, U., Sidi, T., Sieradzan, A. K., Ślusarz, M., Ślusarz, R., Smadbeck, J., Tamamis, P., Trieber, N., Wirecki, T., Yin, Y., Zhang, Y., Bacardit, J., Baranowski, M., Chapman, N., Cooper, S., Defelicibus, A., Flatten, J., Koepnick, B., Popović, Z., Zaborowski, B., Baker, D., Cheng, J., Czaplewski, C., Delbem, A. C. B., Floudas, C., Kloczkowski, A., Ołdziej, S., Levitt, M., Scheraga, H., Seok, C., Söding, J., Vishveshwara, S., Xu, D., & Crivelli, S. N. (2018). An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12. Scientific Reports, 8:. doi:10.1038/s41598-018-26812-8.

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0001-AF57-9 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-5006-4
資料種別: 学術論文

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2620131.pdf (出版社版), 6MB
ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0001-AF59-7
ファイル名:
2620131.pdf
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Gold
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著作権日付:
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2620131_Suppl.pdf (付録資料), 5MB
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https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0001-AF5A-6
ファイル名:
2620131_Suppl.pdf
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Keasar, C., 著者
McGuffin, L. J., 著者
Wallner, B., 著者
Chopra, G., 著者
Adhikari, B., 著者
Bhattacharya, D., 著者
Blake, L., 著者
Bortot, L. O., 著者
Cao, R., 著者
Dhanasekaran, B. K., 著者
Dimas, I., 著者
Faccioli, R. A., 著者
Faraggi, E., 著者
Ganzynkowicz, R., 著者
Ghosh, S., 著者
Ghosh, S., 著者
Giełdoń, A., 著者
Golon, L., 著者
He, Y., 著者
Heo, L., 著者
Hou, J., 著者Khan, M., 著者Khatib, F., 著者Khoury, G. A., 著者Kieslich, C., 著者Kim, D. E., 著者Krupa, P., 著者Lee, G. R., 著者Li, H., 著者Li, J., 著者Lipska, A., 著者Liwo, A., 著者Maghrabi, A. H. A., 著者Mirdita, M.1, 著者           Mirzaei, S., 著者Mozolewska, M. A., 著者Onel, M., 著者Ovchinnikov, S., 著者Shah, A., 著者Shah, U., 著者Sidi, T., 著者Sieradzan, A. K., 著者Ślusarz, M., 著者Ślusarz, R., 著者Smadbeck, J., 著者Tamamis, P., 著者Trieber, N., 著者Wirecki, T., 著者Yin, Y., 著者Zhang, Y., 著者Bacardit, J., 著者Baranowski, M., 著者Chapman, N., 著者Cooper, S., 著者Defelicibus, A., 著者Flatten, J., 著者Koepnick, B., 著者Popović, Z., 著者Zaborowski, B., 著者Baker, D., 著者Cheng, J., 著者Czaplewski, C., 著者Delbem, A. C. B., 著者Floudas, C., 著者Kloczkowski, A., 著者Ołdziej, S., 著者Levitt, M., 著者Scheraga, H., 著者Seok, C., 著者Söding, J.1, 著者           Vishveshwara, S., 著者Xu, D., 著者Crivelli, S. N., 著者 全て表示
所属:
1Research Group of Computational Biology, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_1933286              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: Every two years groups worldwide participate in the Critical Assessment of Protein Structure Prediction (CASP) experiment to blindly test the strengths and weaknesses of their computational methods. CASP has significantly advanced the field but many hurdles still remain, which may require new ideas and collaborations. In 2012 a web-based effort called WeFold, was initiated to promote collaboration within the CASP community and attract researchers from other fields to contribute new ideas to CASP. Members of the WeFold coopetition (cooperation and competition) participated in CASP as individual teams, but also shared components of their methods to create hybrid pipelines and actively contributed to this effort. We assert that the scale and diversity of integrative prediction pipelines could not have been achieved by any individual lab or even by any collaboration among a few partners. The models contributed by the participating groups and generated by the pipelines are publicly available at the WeFold website providing a wealth of data that remains to be tapped. Here, we analyze the results of the 2014 and 2016 pipelines showing improvements according to the CASP assessment as well as areas that require further adjustments and research.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2018-07-02
 出版の状態: オンラインで出版済み
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 出版情報: -
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 査読: 査読あり
 識別子(DOI, ISBNなど): DOI: 10.1038/s41598-018-26812-8
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Scientific Reports
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: 18 巻号: 8 通巻号: 9938 開始・終了ページ: - 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): -