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  Nested effects models for high-dimensional phenotyping screens.

Markowetz, F., Kostka, D., Troyanskaya, O. G., & Soang, R. (2007). Nested effects models for high-dimensional phenotyping screens. Bioinformatics, 23(13), i305-i312. doi:10.1093/bioinformatics/btm178.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-82C4-3 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-82C5-1
資料種別: 学術論文
その他のタイトル : Bioinformatics

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:
i305.pdf (全文テキスト（全般）), 190KB
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ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-82C3-5
ファイル名:
i305.pdf
説明:
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MIMEタイプ / チェックサム:
application/pdf / [MD5]
技術的なメタデータ:
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著作権日付:
-
著作権情報:
eDoc_access: PUBLIC
CCライセンス:
-

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作成者

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 作成者:
Markowetz, Florian1, 著者
Kostka, Dennis1, 著者
Troyanskaya, Olga G., 著者
Soang, Rainer1, 著者
所属:
1Max Planck Society, ou_persistent13              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: Motivation: In high-dimensional phenotyping screens, a large number of cellular features is observed after perturbing genes by knockouts or RNA interference. Comprehensive analysis of perturbation effects is one of the most powerful techniques for attributing functions to genes, but not much work has been done so far to adapt statistical and computational methodology to the specific needs of large-scale and high-dimensional phenotyping screens. Results: We introduce and compare probabilistic methods to efficiently infer a genetic hierarchy from the nested structure of observed perturbation effects. These hierarchies elucidate the structures of signaling pathways and regulatory networks. Our methods achieve two goals: (1) they reveal clusters of genes with highly similar phenotypic profiles, and (2) they order (clusters of) genes according to subset relationships between phenotypes. We evaluate our algorithms in the controlled setting of simulation studies and show their practical use in two experimental scenarios: (1) a data set investigating the response to microbial challenge in Drosophila melanogaster, and (2) a compendium of expression profiles of Saccharomyces cerevisiae knockout strains. We show that our methods identify biologically justified genetic hierarchies of perturbation effects. Availability: The software used in our analysis is freely available in the R package ‘nem’ from www.bioconductor.org

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2007
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子（DOI, ISBNなど）: eDoc: 336055
DOI: 10.1093/bioinformatics/btm178
URI: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/23/13/i305?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=1&title=Nested+effects+models+for+high-dimensional+phenotyping+screens&andorexacttitle=and&andorexacttitleabs=and&andorexactfulltext=and&searchid=1&FIRSTINDEX=0&sortspec=relevance&fdate=//&resourcetype=HWCIT
 学位: -

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訴訟

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出版物 1

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出版物名: Bioinformatics
  出版物の別名 : Bioinformatics
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 23 (13) 通巻号: - 開始・終了ページ: i305 - i312 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 1367-4803