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  Context-Specific Independence Mixture Modelling for Protein Families.

Georgi, B., Schultz, J., & Schliep, A. (2007). Context-Specific Independence Mixture Modelling for Protein Families. In J., Kok, J., Koronacki, R., Lopez de Mantaras, S., Matwin, D., Mladenic, & A., Skowron (Eds.), Knowledge Discovery in Databases: PKDD 2007 (pp. 79-90). Berlin/Heidelberg: Springer.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-817C-D 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-817D-B
資料種別: 書籍の一部

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fulltext.pdf (全文テキスト（全般）), 487KB
 
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-
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制限付き (Max Planck Institute for Molecular Genetics, MBMG; )
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著作権日付:
-
著作権情報:
eDoc_access: MPG
CCライセンス:
-

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作成者

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 作成者:
Georgi, Benjamin1, 著者
Schultz, Jörg, 著者
Schliep, Alexander2, 著者           
所属:
1Max Planck Society, ou_persistent13              
2Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433547              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: Protein families can be divided into subgroups with functional differences. The analysis of these subgroups and the determination of which residues convey substrate specificity is a central question in the study of these families. We present a clustering procedure using the context-specific independence mixture framework using a Dirichlet mixture prior for simultaneous inference of subgroups and prediction of specificity determining residues based on multiple sequence alignments of protein families. Application of the method on several well studied families revealed a good clustering performance and ample biological support for the predicted positions. The software we developed to carry out this analysis PyMix - the Python mixture package is available from http://www.algorithmics.molgen.mpg.de/pymix.html.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2007-08-30
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子（DOI, ISBNなど）: eDoc: 335948
DOI: 10.1007/978-3-540-74976-9_11
URI: http://www.springerlink.com/content/m0x2g36161504443/fulltext.pdf
 学位: -

関連イベント

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訴訟

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Project information

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出版物 1

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出版物名: Knowledge Discovery in Databases: PKDD 2007
種別: 書籍
 著者・編者:
Kok, J.N., 編集者
Koronacki, J., 編集者
Lopez de Mantaras, R., 編集者
Matwin, S., 編集者
Mladenic, D., 編集者
Skowron, A., 編集者
所属:
-
出版社, 出版地: Berlin/Heidelberg : Springer
ページ: - 巻号: - 通巻号: - 開始・終了ページ: 79 - 90 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: -

出版物 2

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出版物名: Lecture Notes in Computer Science
種別: 連載記事
 著者・編者:
Hofmann, Alfred, 編集者
所属:
-
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 4202 通巻号: - 開始・終了ページ: - 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 0302-9743