In vitro selection of random RNA fragments to identify protein-binding sites 
within large RNAs

Stelz, Ulrich; Nierhaus, Knud

doi:10.1007/978-1-60327-475-3_17

In vitro selection of random RNA fragments to identify protein-binding sites within large RNAs

Stelz, U., & Nierhaus, K. (2008). In vitro selection of random RNA fragments to identify protein-binding sites within large RNAs. In R.-J., Lin (Ed.), RNA-Protein Interaction Protocols (pp. 247-255). Berlin [et al]: Springer.

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Stelz, Ulrich¹, 著者
Nierhaus, Knud², 著者

所属:
1Max Planck Society, ou_persistent13
2Ribosomes, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433558

内容説明

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キーワード: In vitro selection - ribosome - RNA binding site - RNA-protein interaction - SELEX - SERF

要旨: In vitro selection experiments have various goals depending on the composition of the initial pool and the selection method applied. We developed an in vitro selection variant that is useful for the identification of minimal RNA binding sites for proteins within large RNAs. A pool of randomly fragmented RNA is constructed from a large RNA, which is the natural binding partner for a protein. Such a pool contains all the potential binding sites and is therefore used as starting material for affinity selection. A successful in vitro selection with the purified protein will identify the protein's natural RNA target site. The method has been developed for ribosomal systems and is a general approach providing a basis for the functional and structural characterization of large ribonucleoprotein particles.

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言語: eng - English

日付: 出版: 2008-10-01

出版の状態: 出版

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識別子（DOI, ISBNなど）: eDoc: 412542
URI: http://www.springerprotocols.com/Abstract/doi/10.1007/978-1-60327-475-3_17
DOI: 10.1007/978-1-60327-475-3_17

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出版物 1

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出版物名: RNA-Protein Interaction Protocols

種別: 書籍

著者・編者:
Lin, Ren-Jang, 編集者

所属:
-

出版社, 出版地: Berlin [et al] : Springer

ページ: - 巻号: - 通巻号: - 開始・終了ページ: 247 - 255 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISBN: 978-1-58829-419-7

出版物 2

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出版物名: Methods in Molecular Biology

種別: 連載記事

著者・編者:

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出版社, 出版地: -

ページ: - 巻号: 488 通巻号: - 開始・終了ページ: - 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: -

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