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  Exact Score Distribution Computation for Similarity Searches in Ontologies.

Schulz, M. H., Köhler, S., Bauer, S., Vingron, M., & Robinson, P. N. (2009). Exact Score Distribution Computation for Similarity Searches in Ontologies. In S. L. Salzberg, & T. Warnow (Eds.), Algorithms in Bioinformatics (pp. 298-309). New York [et al]: Springer.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-7D09-5 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-7D0A-3
Genre: Buchkapitel

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fulltext.pdf (beliebiger Volltext), 344KB
 
Datei-Permalink:
-
Name:
fulltext.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Eingeschränkt (Max Planck Institute for Molecular Genetics, MBMG; )
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
eDoc_access: MPG
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Schulz, Marcel H.1, Autor
Köhler, Sebastian, Autor
Bauer, Sebastian, Autor
Vingron, Martin2, Autor           
Robinson, Peter N.3, Autor           
Affiliations:
1Max Planck Society, ou_persistent13              
2Gene regulation (Martin Vingron), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479639              
3Research Group Development & Disease (Head: Stefan Mundlos), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433557              

Inhalt

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Schlagwörter: Computer science
 Zusammenfassung: Semantic similarity searches in ontologies are an important component of many bioinformatic algorithms, e.g., protein function prediction with the Gene Ontology. In this paper we consider the exact computation of score distributions for similarity searches in ontologies, and introduce a simple null hypothesis which can be used to compute a P-value for the statistical significance of similarity scores. We concentrate on measures based on Resnik’s definition of ontological similarity. A new algorithm is proposed that collapses subgraphs of the ontology graph and thereby allows fast score distribution computation. The new algorithm is several orders of magnitude faster than the naive approach, as we demonstrate by computing score distributions for similarity searches in the Human Phenotype Ontology.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2009-09-19
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: eDoc: 447551
URI: http://www.springerlink.com/content/t47854g31w368862/fulltext.pdf
DOI: 10.1007/978-3-642-04241-6_2
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Algorithms in Bioinformatics
Genre der Quelle: Buch
 Urheber:
Salzberg, Steven L., Herausgeber
Warnow, Tandy, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: New York [et al] : Springer
Seiten: 430 Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 298 - 309 Identifikator: ISBN: 978-3-642-04240-9

Quelle 2

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Titel: Lecture Notes in Computer Science
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Hofmann, Alfred, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 5724 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: -