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  An algorithm and program for finding sequence specific oligo-nucleotide probes for species identification

Pozhitkov, A. E., & Tautz, D. (2002). An algorithm and program for finding sequence specific oligo-nucleotide probes for species identification. BMC Bioinformatics, 3: 9. doi:10.1186/1471-2105-3-9.

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Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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:
Pozhitkow_Tautz_2002.pdf (Verlagsversion), 176KB
Name:
Pozhitkow_Tautz_2002.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Keine Angabe
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Pozhitkov, Alexander E.1, Autor
Tautz, Diethard2, Autor                 
Affiliations:
1external, ou_persistent22              
2External, ou_persistent22              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Background: The identification of species or species groups with specific oligo-nucleotides asmolecular signatures is becoming increasingly popular for bacterial samples. However, it shows alsogreat promise for other small organisms that are taxonomically difficult to tract.Results: We have devised here an algorithm that aims to find the optimal probes for any given setof sequences. The program requires only a crude alignment of these sequences as input and isoptimized for performance to deal also with very large datasets. The algorithm is designed suchthat the position of mismatches in the probes influences the selection and makes provision of singlenucleotide outloops. Program implementations are available for Linux and Windows

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 20022001-11-132002-03-062002-03-062002
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1186/1471-2105-3-9
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: BMC Bioinformatics
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: BioMed Central
Seiten: - Band / Heft: 3 Artikelnummer: 9 Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 1471-2105
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/111000136905000