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  A polyhedral approach to RNA sequence structure alignment

Lenhof, H.-P., Reinert, K., & Vingron, M. (1998). A polyhedral approach to RNA sequence structure alignment. In S., Istrail, P., Pevzner, & M., Waterman (Eds.), Proceedings of the 2nd Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB-98) (pp. 153-162). New York, USA: ACM Press.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-3761-4 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-3762-2
資料種別: 会議論文

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作成者

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 作成者:
Lenhof, Hans-Peter1, 著者           
Reinert, Knut1, 著者           
Vingron, Martin, 著者
所属:
1Algorithms and Complexity, MPI for Informatics, Max Planck Society, ou_24019              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: Ribonucleic acid (RNA) is a polymer composed of four bases denoted A, C, G, and U. It is a generally single-stranded molecule where the bases form hydrogen bonds within the same molecule leading to structure formation. In comparing different homologous RNA molecules it is important to consider both the base sequence and the structure of the molecules. Traditional alignment algorithms can only account for the sequence of bases, but not for the base pairings. Considering the structure leads to significant computational problems because of the dependencies introduced by the base pairings. In this paper we address the problem of optimally aligning a given RNA sequence of unknown structure to one of known sequence and structure. We phrase the problem as an integer linear program and then solve it using methods from polyhedral combinatorics. In our computational experiments we could solve large problem instances -- 23S ribosomal RNA with more than $1400$ bases -- a size intractable for former algorithms.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2010-03-021998
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: New York, USA : ACM Press
 目次: -
 査読: -
 識別子（DOI, ISBNなど）: eDoc: 517921
その他: Local-ID: C1256428004B93B8-D9EBAC8904160ABEC12565D90043268B-LenReiVin98
 学位: -

関連イベント

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イベント名: Untitled Event
開催地: New York, USA
開始日・終了日: 1998

訴訟

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Project information

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出版物 1

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出版物名: Proceedings of the 2nd Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB-98)
種別: 会議論文集
 著者・編者:
Istrail, Sorin, 編集者
Pevzner, Pavel, 編集者
Waterman, Michael, 編集者
所属:
-
出版社, 出版地: New York, USA : ACM Press
ページ: - 巻号: - 通巻号: - 開始・終了ページ: 153 - 162 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISBN: 0-89791-976-9