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  Fast Lightweight Suffix Array Construction and Checking

Burkhardt, S., & Kärkkäinen, J. (2003). Fast Lightweight Suffix Array Construction and Checking. In Combinatorial Pattern Matching: 14th Annual Symposium, CPM 2003 (pp. 55-69). Heidelberg, Germany: Springer.

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cpm03.pdf (beliebiger Volltext), 223KB
 
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Name:
cpm03.pdf
Beschreibung:
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Sichtbarkeit:
Privat
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf
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Copyright Datum:
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Copyright Info:
-
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Burkhardt, Stefan1, Autor           
Kärkkäinen, Juha1, Autor           
Baeza-Yates, R.2, Herausgeber
Chávez, E.2, Herausgeber
Crochemore, M.2, Herausgeber
Affiliations:
1Algorithms and Complexity, MPI for Informatics, Max Planck Society, ou_24019              
2Max Planck Society, ou_persistent13              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: We describe an algorithm that, for any $v\in[2,n]$, constructs the suffix array of a string of length $n$ in $\Oh{vn + n \log n}$ time using $\Oh{v+n/\sqrt{v}}$ space in addition to the input (the string) and the output (the suffix array). By setting $v=\log n$, we obtain an $\Oh{n \log n}$ time algorithm using $\Oh{n/\sqrt{\log n}}$ extra space. This solves the open problem stated by Manzini and Ferragina [ESA\;'02] of whether there exists a lightweight (sublinear extra space) $\Oh{n \log n}$ time algorithm. The key idea of the algorithm is to first sort a sample of suffixes chosen using mathematical constructs called difference covers. The algorithm is not only lightweight but also fast in practice as demonstrated by experiments. Additionally, we describe fast and lightweight suffix array checkers, i.e., algorithms that check the correctness of a suffix array.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2004-08-022003
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: eDoc: 201869
Anderer: Local-ID: C1256428004B93B8-3E2B1773D0314EDEC1256E8A002B0F6D-Burkhardt2003
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Titel: Untitled Event
Veranstaltungsort: Morelia, Michoacán, Mexico
Start-/Enddatum: 2003-06-25

Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Combinatorial Pattern Matching: 14th Annual Symposium, CPM 2003
Genre der Quelle: Konferenzband
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Heidelberg, Germany : Springer
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 55 - 69 Identifikator: -

Quelle 2

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Titel: Lecture Notes in Computer Science
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 2676 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 0302-9743