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  Better External Memory Suffix Array Construction

Dementiev, R., Kärkkäinen, J., Mehnert, J., & Sanders, P. (2005). Better External Memory Suffix Array Construction. In Proceedings of the Seventh Workshop on Algorithm Engineering and Experiments and the Second Workshop on Analytic Algorithmics and Combinatorics (ALENEX/ANALCO 2005) (pp. 86-97). Philadelphia, USA: SIAM.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-25F0-6 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-25F1-4
Genre: Konferenzbeitrag

Dateien

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:
DKMS05.pdf (beliebiger Volltext), 232KB
 
Datei-Permalink:
-
Name:
DKMS05.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Privat
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Dementiev, Roman1, Autor           
Kärkkäinen, Juha1, Autor           
Mehnert, Jens1, Autor           
Sanders, Peter1, Autor           
Demetrescu, Camil, Herausgeber
Sedgewick, Robert, Herausgeber
Tamassia, Roberto, Herausgeber
Affiliations:
1Algorithms and Complexity, MPI for Informatics, Max Planck Society, ou_24019              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Suffix arrays are a simple and powerful data structure for text processing that can be used for full text indexes, data compression, and many other applications in particular in bioinformatics. However, so far it looked prohibitive to build suffix arrays for huge inputs that do not fit into main memory. This paper presents design, analysis, implementation, and experimental evaluation of several new and improved algorithms for suffix array construction. The algorithms are asymptotically optimal in the worst case or on the average. Our implementation can construct suffix arrays for inputs of up to 4GByte in hours on a low cost machine where all previous implementations we are aware of would fail or take days. We also present a simple and efficient external algorithm for checking whether an array of indexes is a suffix array. As a tool of possible independent interest we present a systematic way to design, analyze, and implement \emph{pipelined} algorithms.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2006-06-162005
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: Philadelphia, USA : SIAM
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: eDoc: 279183
Anderer: Local-ID: C1256428004B93B8-3A3C24F177ACF9B2C1256FAC0057E187-DKMS05
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Titel: Untitled Event
Veranstaltungsort: Vancouver, British Columbia, Canada
Start-/Enddatum: 2005-01-22

Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Proceedings of the Seventh Workshop on Algorithm Engineering and Experiments and the Second Workshop on Analytic Algorithmics and Combinatorics (ALENEX/ANALCO 2005)
Genre der Quelle: Konferenzband
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Philadelphia, USA : SIAM
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 86 - 97 Identifikator: ISBN: 0-89871-596-2